Persistent Topology and Metastable State in Conformational Dynamics

نویسندگان
چکیده

برای دانلود رایگان متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

Persistent Topology and Metastable State in Conformational Dynamics

The large amount of molecular dynamics simulation data produced by modern computational models brings big opportunities and challenges to researchers. Clustering algorithms play an important role in understanding biomolecular kinetics from the simulation data, especially under the Markov state model framework. However, the ruggedness of the free energy landscape in a biomolecular system makes c...

متن کامل

Markov state models of biomolecular conformational dynamics.

It has recently become practical to construct Markov state models (MSMs) that reproduce the long-time statistical conformational dynamics of biomolecules using data from molecular dynamics simulations. MSMs can predict both stationary and kinetic quantities on long timescales (e.g. milliseconds) using a set of atomistic molecular dynamics simulations that are individually much shorter, thus add...

متن کامل

Interplay of network state and topology in epidemic dynamics

Throughout history epidemic diseases have been a constant threat to humans (Cartwright, 1972; Oldstone, 1998). There is evidence that even our earliest ancestors suffered from disease-related mortality (Hart, 1983). Many of the old diseases have by now become harmless childhood maladies or have disappeared entirely. However, as humankind prospered and spread out new epidemic diseases continued ...

متن کامل

the study of bright and surface discrete cavity solitons dynamics in saturable nonlinear media

امروزه سالیتون ها بعنوان امواج جایگزیده ای که تحت شرایط خاص بدون تغییر شکل در محیط منتشر می-شوند، زمینه مطالعات گسترده ای در حوزه اپتیک غیرخطی هستند. در این راستا توجه به پدیده پراش گسسته، که بعنوان عامل پهن شدگی باریکه نوری در آرایه ای از موجبرهای جفت شده، ظاهر می گردد، ضروری است، زیرا سالیتون های گسسته از خنثی شدن پراش گسسته در این سیستم ها بوسیله عوامل غیرخطی بوجود می آیند. گسستگی سیستم عامل...

Persistent Topology of Syntax

We study the persistent homology of the data set of syntactic parameters of the world languages. We show that, while homology generators behave erratically over the whole data set, non-trivial persistent homology appears when one restricts to specific language families. Different families exhibit different persistent homology. We focus on the cases of the Indo-European and the Niger-Congo famil...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: PLoS ONE

سال: 2013

ISSN: 1932-6203

DOI: 10.1371/journal.pone.0058699